有機化學實驗室入門
不管你是專題生還是研究生,本文提供給即將加入有機化學實驗室的同學們,事先瞭解做有機化學實驗的相關流程,先有些基礎概念,往後進入實驗室能更快上手。
本文內容是敘述我們做方法學的實驗室之流程、習慣,再加上一些筆者的經驗談,其他實驗室必定有不同的流程及習慣,故同學們還是要以你們實驗室所教的內容為主,但我相信基本上有機實驗要做的流程離不開這些,先說大概流程:
(1)寫實驗紀錄簿
(2)下反應
(3)收反應(萃取)
(4)純化(流column 或 再結晶)
(5)秤重、算產率
(6)測NMR,確認產物結構
*萃取、純化、NMR的部分先敘述大致上的流程,更深入的技巧會另外寫文章探討。
而以下是六項流程的詳細說明,並添加一些筆者認為應該注意的事項:
1.寫實驗紀錄簿
每一次下反應一定要寫實驗紀錄簿,寫實驗紀錄簿的目的在於:
(1)計算下反應所需藥物的質量或體積
(2)寫實驗步驟(看paper查來的步驟)
(3)詳細記錄你下反應的操作手法、流程、反應顏色變化現象……等。
(4)畫出反應結束時、流column前及流完column後TLC片的跑片狀況(一個反應總共會畫三次)。
(5)計算理論產量、實際產量及產率
*記錄你所操作的手法及流程是非常重要的,有些化學反應不是將起始物全部丟進反應瓶,加溶劑攪一攪就可以輕鬆成功的。舉例來說,合成某一個化合物需要加入起始物A和B,這時我將A和B加入圓底瓶,再加入溶劑;或者是先將A加入圓底瓶,接著加入溶劑,最後再加入B,這兩種操作流程的不同,有可能會影響產率。因此我們將下反應的流程記錄下來,之後發現產率不如預期的話,我們可以回過頭來查紀錄簿,看哪個流程需要改善,如果偷懶沒有紀錄的話,很容易過一陣子就忘了。
*畫TLC片也是重點之一,跑片狀況如何和用什麼樣的溶劑極性跑片都要記錄下來,之後如果要做同樣的反應,方便回來對照,節省試跑TLC片的時間。
2.下反應(一般流程,若paper步驟有特殊需求再調整)
(1)找藥:上網查出所需藥物的CAS Number,接著去你們實驗室的藥冊查出它在哪裡並且找出來,找到後記得先確認藥罐內的量是否足夠你下反應。
(2)選擇反應瓶:看需求,可以選擇寬口或窄口圓底瓶、尖底瓶、雙頸瓶、三頸瓶、高壓管(封管實驗用),選好後將磁石加入瓶中。
(3)秤藥:若藥物是固體,直接秤完加入反應瓶就好。如果藥是未知密度的液體,可將反應瓶放到秤台上歸零,再秤液體進去。若是已知密度的液體,算出該加多少量的體積,稍後加完溶劑再用pipet或針筒打入反應瓶。
(4)抽真空:為了確保我們的反應不會被外界空氣所干擾,秤完藥後將反應瓶拿去抽真空,抽完用血清塞塞好後插上氮氣球。
(5)加入溶劑:用氣密針筒或pipet加都可以。
(6)加入液體藥物:如果paper沒有特別說明,我會加完溶劑再加液體的藥物,因為擔心在秤藥階段,固體藥加完直接加液體藥反應就開始了(有時還會放熱,反應瓶會燙,很擔心反應會壞掉)。
(7)開始反應:在記錄簿上記錄開始反應的時間,若是高溫反應,反應放進油浴鍋之後別急著離開,先確認油浴鍋的溫度不會浮動後再離開(若你在試新條件,反應一下50度,一下又變80度,這個反應條件就不準了)。
(8)追蹤反應:在試新的條件時,每隔一段時間就要點TLC片追蹤反應,觀察起始物的消耗狀況,有沒有新的點產生。追蹤一段時間後,發現起始物消耗完了,或起始物完全沒有動,亦或是起始物有消耗但過了很長一段時間都沒有繼續消耗,就可以收反應了。
*若是冰在冰箱的藥物,記得藥先拿出來退冰之後才可以打開。如果沒有退冰就打開,罐內藥物容易吸收空氣中的水份而壞掉。
*若為高溫反應,可在秤藥前先預熱油浴鍋。
3.收反應(萃取)
(1)點TLC片,確認反應結束後,記錄總反應時間及顏色變化,並將TLC片的狀況畫在記錄簿上(懶惰的話可以用貼的)。
(2)以我們實驗室為例,大部分用乙醚、乙酸乙酯(EA)或二氯甲烷(DCM)萃取。
(3)萃取時有機層和水層的量,比例大概抓1:1。(有些paper會告訴你用多少的有機溶劑和水去萃取)
(4)萃取完後,收集有機層的部分,裡面難免會有一些微量的水萃不掉,加入硫酸鎂除水,鋪濾紙在漏斗上,將濾液過濾到一個乾淨的瓶子中,得到一瓶完全無水的有機溶液(水沒除乾淨的話,流column時化合物會卡在column),一般會加入酸性、鹼性或中性飽和水溶液萃取兩次,第三次加入飽和食鹽水萃取。
(5)利用迴旋濃縮機,將多餘的有機溶劑抽乾,抽乾後的化合物轉移至尖底瓶。
(6)再點一次TLC片,確認萃取完TLC片的狀況,二度將TLC片的狀況畫在記錄簿上。
*假設今天用二氯甲烷萃取,若反應溶劑用的是二氯甲烷以外的有機溶劑,要先拿去迴旋濃縮機將溶劑抽乾後才能進行萃取,否則有可能會出現有機層和水層難以分層的情況。尤其是當反應用的溶劑是醇類(甲醇、乙醇……等)時,如果萃取前不先上濃縮機抽乾,萃取時醇類會將所有有機物溶進水層。
*一般來說有機溶劑的密度比水小,故萃取時溶液收集上層。要注意的是二氯甲烷的密度比水大,用二氯甲烷萃取的話要取下層。
*有時萃取會發生有機層和水層乳化難以分層的現象,不想等待一段漫長的靜置時間的話,加入飽和食鹽水可以快速消除乳化現象。
*上述第四點會說加入飽和食鹽水進行第三次萃取的原因是,飽和食鹽水可以消除乳化現象,讓有機層和水層分層更明顯,這時小心操作漏掉水層,收集到的有機層所殘餘的水量就會更少,下一步就不用加入太多硫酸鎂除水,因為有時加入太多的硫酸鎂除水容易造成目標化合物卡在硫酸鎂中。
*萃取時有機層和水層的量比例盡量加1:1,若有機層溶液加太少,你的目標化合物有機會溶到水層去。
4.純化(流column、再結晶)
(1)流column前,要先試著用不同的溶劑搭配或溶劑比例來跑TLC片,測試哪一種跑液最適合拿來沖提column(最理想的狀況是,目標產物的點在RF值0.3的位置)。
(2)Packing column,可用馬達加壓來加速,更沒耐心的話可以用搖的,讓silica gel和溶劑混和均勻。
(3)Loading化合物到column中,結束後可加一些海砂(加入約一公分的高度),防止倒沖提液進去後,silica gel和化合物被沖起。
(4)開始流column,可用單一極性流法或變換極性流法,用試管收集濾液,一邊流一邊跑TLC片追蹤目標產物在哪一管流出來。
(5)目標產物完全流出來之後,加入一些乙酸乙酯,將column中剩餘的物質沖洗出來。
(6)將有目標產物的那幾管收集在圓底瓶中後,拿去迴旋濃縮機濃縮。
(7)點TLC片,確認收集到的東西是純的,在TLC片上只有一個點,並將TLC片上的狀況三度畫在實驗紀錄簿上。
(8)最後將目標產物拿去測圖,從圖中發現你的東西有雜質,若你的東西正好是固體的話,可以用再結晶的方式來純化。
*silica gel極溶於水,如果吸入silica gel進身體中的話,一輩子都無法排出,會引發矽肺症,故取silica gel時務必戴口罩和閉氣。
5. 秤重、算產率
(1)拿一個乾淨的樣品瓶,秤好空瓶重,記錄在實驗紀錄簿上(忘記寫的話要重新轉瓶一次)。
(2)將目標產物轉移到樣品瓶中,並上迴旋濃縮機將多餘的有機溶劑抽乾,但迴旋濃縮機的抽力有限,無法將全部的有機溶劑抽乾。
(3)在迴旋濃縮機抽完後,拿去上高真空抽一段時間,直到有機溶劑完全抽乾為止。
(4)抽乾後,秤重並扣除空瓶重,得到目標產物實際重量後即可算產率。
*算產率前,產物中的有機溶劑一定要抽乾,否則算出來的就不是真實產率。
6. 測NMR,確認產物結構
(1)算完產率後,取一些出來溶在d-solvent中,拿去測NMR。若目標產物為已知化合物,可以上網找出化合物的NMR圖,並拿來和自己測的圖比較,看做出來的化合物是否正確。
(2)若NMR圖譜上,發現有solvent peak的話,代表你的化合物沒有抽乾,要重新拿去迴旋濃縮及上高真空抽乾後算產率,再來測一次NMR。
(3)做出來的目標產物是新的化合物的話,若看NMR圖譜無法肯定這個東西是我們預期的結構(尤其是環狀化合物),需要進一步的拿去測MS、IR或X-ray。
實驗入門到這邊告一段落,希望以上內容能夠幫助各位,如果覺得有用的話可以分享給有需要的同學
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